井出草平の研究ノート

間接法による年齢標準化と信頼区間[R]

直接法はこちら。

年齢調整罹患率(age-standardized rates)の求め方の一つ。

ides.hatenablog.com

 間接法により得られる値は、正確には年齢調整罹患率ではなく、期待値と観測値の比である。
対象とする地域(例えば市町村)の年齢階級別罹患率が、比較しようとする集団(例えば県全体)の年齢階級別罹患率と同じと仮定した場合の罹患数(期待罹患数)を計算し、実際に観察された罹患数(観察罹患数)との比[標準化罹患比(SIR): standardized incidence rate]を求める。対象とする地域の年齢階級別罹患率がわからなくとも、年齢階級別人口と全年齢階級での観察罹患数が得られている場合には、標準化罹患比を計算することができる。 http://www.jacr.info/publicication/tebiki/tebiki_s_4_2.pdf

eptoolsパッケージで実行

www.rdocumentation.org

library(epitools)

データの作成

dth60 <- c(141, 926, 1253, 1080, 1869, 4891, 14956, 30888, 41725, 26501,
5928)
pop60 <- c(1784033, 7065148, 15658730, 10482916, 9939972, 10563872, 9114202,
6850263, 4702482, 1874619, 330915)
dth40 <- c(45, 201, 320, 670, 1126, 3160, 9723, 17935, 22179, 13461, 2238)
pop40 <- c(906897, 3794573, 10003544, 10629526, 9465330, 8249558, 7294330,
5022499, 2920220, 1019504, 142532)
rate60 <- dth60/pop60
rate40 <- dth40/pop40
tab <- array(c(dth60, pop60, round(rate60*100000,1), dth40, pop40,
round(rate40*100000,1)), c(11,3,2))
agelabs <- c("<1", "1-4", "5-14", "15-24", "25-34", "35-44", "45-54",
"55-64", "65-74", "75-84", "85+")
dimnames(tab) <- list(agelabs, c("Deaths", "Population", "Rate"),
c("1960", "1940"))
tab

データ

, , 1960

      Deaths Population   Rate
<1       141    1784033    7.9
1-4      926    7065148   13.1
5-14    1253   15658730    8.0
15-24   1080   10482916   10.3
25-34   1869    9939972   18.8
35-44   4891   10563872   46.3
45-54  14956    9114202  164.1
55-64  30888    6850263  450.9
65-74  41725    4702482  887.3
75-84  26501    1874619 1413.7
85+     5928     330915 1791.4

, , 1940

      Deaths Population   Rate
<1        45     906897    5.0
1-4      201    3794573    5.3
5-14     320   10003544    3.2
15-24    670   10629526    6.3
25-34   1126    9465330   11.9
35-44   3160    8249558   38.3
45-54   9723    7294330  133.3
55-64  17935    5022499  357.1
65-74  22179    2920220  759.5
75-84  13461    1019504 1320.3
85+     2238     142532 1570.2
ageadjust.indirect(count, pop, stdcount, stdpop, stdrate = NULL, conf.level =0.95)

count: 年齢別イベント数のベクトル
pop: 年齢別の人年または人口推定値のベクトル
stdcount: 年齢別の標準カウントのベクトル stdpop: 年齢別の標準的な人口のベクトル stdrate: 年齢別の標準率のベクトル conf.level: 信頼度 (デフォルト = 0.95)

基準は1960年として、1940年の年齢調整値を計算する。

dth40: 1940年の死亡者 pop40: 1940年の人口 dth60: 1960年の死亡者 pop60: 1960年の人口

ageadjust.indirect(
  count = dth40, pop = pop40, stdcount = dth60, stdpop= pop60)

標準化罹患比(SIR): standardized incidence rate

$sir
    observed          exp          sir          lci          uci 
7.105800e+04 8.555689e+04 8.305351e-01 8.244509e-01 8.366642e-01 

$rate
 crude.rate    adj.rate         lci         uci 
0.001195286 0.001379415 0.001369309 0.001389594