井出草平の研究ノート

計量

lavaanを用いてWLSMVによる測定の不変性を計算する[R]

WLSMV(adjusted diagonally weighted least squares)での測定の不変性の方法が確立しているらしい。 https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/10705511.2019.1602776 最尤法での測定の不変性についてはこちらを参照のこと。 ides.hatenablog.com サンプ…

正規性の検定

日本語でも解説が多く、有名な手法なので、やり方だけを記す。 データはirisを用いる。 ガクの長さのデータが正規分布が仮定できるかを検定する。 data(iris) head(iris$Sepal.Length) データ。 [1] 5.1 4.9 4.7 4.6 5.0 5.4 シャピロ・ウィルク検定 (Shapir…

Rでクラスター分析[R]

Gabriel Martosさんによる解説より。 rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com Rを使ってクラスター分析を行う方法を学ぶ。データセットwinsを使用するために,ライブラリrattleをロードする。 library(rattle) data(wine, package='rattle') head(wine) Type …

Kaiser-Meyer-Olkinの標本妥当性の測度とMeasures of Sampling Adequacy

Kaiser-Meyer-Olkin(KMO)の標本妥当性の測度とMeasures of Sampling Adequacy(MSA)について。 中澤港さんの資料 https://minato.sip21c.org/factor-in-R-j.pdf KMO と MSA KMO とは,Kaiser-Meyer-Olkin が提唱した因子分析全体についてのサンプリング適切性…

Fornell & Larcker基準とHTMT基準の使い分け

iopscience.iop.org M R Ab Hamid, W Sami and M H Mohmad Sidek, 2017, Discriminant Validity Assessment: Use of Fornell & Larcker criterion versus HTMT Criterion, Journal of Physics: Conference Series, Volume 890, 1st International Conference…

ベイズ推定の利点

こちらの本の1.4.1 ベイズ推定の説明から。 Structural Equation Modeling: Applications Using Mplus (Wiley Series in Probability and Statistics)作者:Wang, Jichuan,Wang, Xiaoqian発売日: 2019/12/04メディア: ハードカバー 1.4.1 Bayes estimator ベ…

因子スコアを重回帰分析の独立変数にした論文

因子スコアを独立変数にして、重回帰分析にぶち込んだ論文がいくつか存在していることを知った。 Yakubu, Idahor and Isopa(2009) https://www.researchgate.net/publication/50194274_Using_factor_scores_in_multiple_linear_regression_model_for_predict…

prevalenceパッケージまわりの補足[R]

こちらのエントリの補足。 ides.hatenablog.com 感度・特異度がわかっていれば、スクリーニング調査から真の有病率の推定ができる、という手法である。 もちろん、統計的推計なので、診断の有無をしっかりと調べていくようなものを再現できる訳ではなく、い…

LaTeX形式の数式コードを書くパッケージequatiomatic[R]

中澤港さんの日記に書かれていたパッケージ(https://minato.sip21c.org/im3r/20210131.html)。 これを使うと,lmer()で使ったモデルが,そのままTeXのコードになる。LaTeXで論文を書いている人はそのまま取り込めるし,WordやLibreOfficeで論文を書いている…

Wilcoxon-Mann-Whitney検定[R]

ja.wikipedia.org 昔SPSSでやった記憶はあるがRではやったことがない。 少し調べてみるとx群とy群をそれぞれベクトルで与えてwilcox.test(x,y)とするみたいな解説がたくさん見つかった。間違いではないが、一つの連続変数に対して男女の違いはあるかないかみ…

変数名を変更する[R]

names(df)[ c(1,3)] <- c("一列目", "三列目") via: Rで列名を変更する: さかなのいろいろ

欠損値の補完[Mplus]

潜在クラス分析で欠損値がある場合の補完はできないものかといろいろ調べてみたが、コードが見つからない。IDREで次のようなエントリを見つけた。 stats.idre.ucla.edu Mplusは完全情報最尤推定法(FIML)を用いて、変数の一部が欠落した値を持つモデルを推…

ベイズ推定による因子分析[Mplus]

頻度主義で行うのと特に何かが変わるというわけではないものの、Mplusでベイズ推定で因子分析を行った。 コード DATA: FILE = "HS1939.dat"; VARIABLE: NAMES = x1 x2 x3 x4 x5 x6 x7 x8 x9; MISSING=.; ANALYSIS: ESTIMATOR = BAYES; PROCESS = 2; FBITER =…

ID番号のないデータフレームにID列を作る方法[R]

IDの列を作る 仮想データフレームを作成。 d <- data.frame(V1=c(23, 45, 56), V2=c(45, 45, 67)) 結果。 V1 V2 1 23 45 2 45 45 3 56 67 ID列の挿入。 d$ID <- 1:nrow(d) 結果。 V1 V2 ID 1 23 45 1 2 45 45 2 3 56 67 3 こちらで紹介されていたやり方。パ…

潜在クラス分析のDistal Outcomesの補助設定ごとの結果の比較[Mplus]

Distal Outcomesが連続変数の場合、DU3STEP法、DE3STEP法、BCH法、DCON法、PC法などがある。詳しくはここなどを参照してもらいたいが、BCH法をとることが現在のところ推奨されている。 そんなわけで、それぞれの方法での推定結果の違いをみてみたい。ちなみ…

潜在クラス分析-三段階法[Mplus]

Structural Equation Modeling: Applications Using Mplus (Wiley Series in Probability and Statistics)作者:Wang, Jichuan,Wang, Xiaoqian発売日: 2019/12/04メディア: ハードカバー Jichuan Wang, Xiaoqian Wang, 2019, Structural equation modeling ap…

傾向スコアでのマッチングをしている研究の例

medical.nikkeibp.co.jp その上でCOVID-19患者のコホートと他の6種類の疾患のコホートから、最近傍マッチング法(greedy nearest neighbour matching)で傾向スコアが最も近い組み合わせのペアを1対1の割合で選び出した。マッチングさせた条件は50種類の変数…

条件付け潜在成長曲線モデル[Mplus]

Higher-Order Growth Curves and Mixture Modeling with Mplus (Multivariate Applications Series)作者:Wickrama, Kandauda発売日: 2016/04/13メディア: ペーパーバック https://www.routledge.com/Higher-Order-Growth-Curves-and-Mixture-Modeling-with-M…

潜在クラス分析における疑似クラス法(Pseudo-Class Method)

Structural Equation Modeling: Applications Using Mplus (Wiley Series in Probability and Statistics)作者:Wang, Jichuan,Wang, Xiaoqian発売日: 2019/12/04メディア: ハードカバー - Jichuan Wang, Xiaoqian Wang, 2019, Structural equation modeling …

LCAモデルにおける補助変数の考え方[Mplus]

Structural Equation Modeling: Applications Using Mplus (Wiley Series in Probability and Statistics)作者:Wang, Jichuan,Wang, Xiaoqian発売日: 2019/12/04メディア: ハードカバー - Jichuan Wang, Xiaoqian Wang, 2019, Structural equation modeling …

潜在クラス分析の適用例-禁煙

RMLCA(反復測定潜在クラス分析)の適用例として有名な論文らしい。 www.ncbi.nlm.nih.gov - Danielle E. McCarthy, Lemma Ebssa, Katie Witkiewitz, and Saul Shiffman, 2015, Paths to tobacco abstinence: A repeated measures latent class analysis, J Co…

潜在クラス分析の適用例-運動とライフスタイル介入

www.ncbi.nlm.nih.gov 2017年の潜在クラス分析を使った論文。Distal Outcomesも使用されている。 潜在クラス分析 クラス決定のための指標類のグラフ。 たくさん表記している印象がある。 クラスごとの応答確率の表。 Distal Outcomesを伴った潜在クラス分析 …

潜在クラス分析の活用例-強姦事件の犯人の分類

ci.nii.ac.jp 平間一樹・大塚祐輔・横田賀英子・和智妙子・渡邉和美,2019,「犯行前の意思決定行動に基づく強姦事件の犯人の分類」『犯罪心理学研究』56(2): 1-14. 潜在クラス分析 左の項目が観測変数である。比較的うまく分かれている印象である。 潜在ク…

lavaanで潜在変数の相関係数を求める[R]

データとモデルの作成 library("lavaan") Data <- HolzingerSwineford1939[,c("x1","x2","x3","x4", "x5", "x6")] model <- ' f1 =~ x1 + x2 + x3 f2 =~ x4 + x5 + x6 ' fit <- sem(model, data = Data, std.lv = TRUE) lavaanパッケージに含まれているデー…

lavaanでポリコリック、ポリシリアル相関係数を計算する[R]

Rではpolycorパッケージで計算ができる。 ides.hatenablog.com Stataでも現在は標準で計算機能が実装されている。 ides.hatenablog.com ポリコリック相関係数などは以前のエントリーを参照のこと。 lavCor www.rdocumentation.org 下記のものは、パッケージ…

lavaanで順序尺度のSEMを行う[R]

相関係数をピアソンではなく、ポリコリック相関係数を使う方法。例として簡単な確証的因子分析を行う。 サンプルデータの作成 library(lavaan) data.con <- HolzingerSwineford1939[,c("x1","x2","x3")] # visualのデータのみ使用 ## 3カテゴリにしてカテゴ…

マイナスの外側に括弧をつける[Excel]

(#.#0);(-#.#00) 標準誤差を含む表を作るときなどに。

共変量とカテゴリカルなDistal Outcomesを伴った潜在クラス分析[Mplus]

共変量とDistal Outcomesのある潜在クラス分析で、かつ、Distal Outcomesがカテゴリカルな場合の分析である。 モデル コード DATA: FILE = LCA_cat.dat; VARIABLE: NAMES = U1-U8 Y A B; USEVARIABLES = U1-U8 Y A B; CATEGORICAL = U1-U8 Y; CLASSES = C(3)…

潜在クラス分析でクラス応答確率を出力するには[Mplus]

SAVEDATA: FILE = ****.sav; SAVE = CPROB; やはりメモってないと忘れる。

潜在クラス分析におけるBCH法-回帰補助モデル[Mplus]

前回に引きつづき潜在クラス分析におけるBCH法について。 http://www.statmodel.com/examples/webnotes/webnote4.zip 今回は共変量(X)を設定し、従属変数(Y)に回帰するモデルである。 データが見つからなかったのでRで仮想データ作成した。適当に乱数を発生…