井出草平の研究ノート

計量

順序ロジスティック回帰モデルとBrant検定[R]

前回と同じく順序ロジスティック回帰モデルの話。今回はBrant検定を利用したパターン。 ides.hatenablog.com 使用するのはMASSパッケージのpolr関数。 www.rdocumentation.org データ library(MASS) data(housing) dat<- housing head(dat) Sat Infl Type Co…

順序ロジスティック回帰[R]

idreの解説より。 stats.idre.ucla.edu 後半記載されているparallel slopesの検定だが、現在はbrantパッケージでできるのではないかと思う。そのうちエントリをいれるつもり。 はじめに このページでは、Rのporrパッケージを使って順序ロジスティック回帰を…

収束妥当性

A Primer on Partial Least Squares Structural Equation Modeling (PLS-SEM)作者:Hair Jr., Dr. Joe,Hult, G. Tomas M.,Ringle, Dr. Christian M.,Sarstedt, MarkoSAGE Publications, IncAmazon A Primer on Partial Least Squares Structural Equation Mod…

flextableパッケージでRで作成した表をWordやPowerPointに出力する[R]

こちらを参照した。 taehoonh.me 使用するのはflextableパッケージ www.rdocumentation.org データの呼び込み library(tidyverse) dat <- mtcars[, 1:6] %>% mutate(model = rownames(mtcars)) %>% select(ncol(.), 1:(ncol(.)-1)) mtcarsの頭部分を使用する…

WLSMV を用いた測定の不変性の計算[Mplus]

Mplusで推定にWLSMV(adjusted diagonally weighted least squares)を使った測定の不変性の確認の方法について。 最尤法は正規分布と連続変数という2つの強力な仮定をすることから、順序尺度や正規分布にならないものの測定の不変性について確認する場合には…

LatentGOLDでクラスター分析[LatentGOLD]

データの準備[R] LatentGOLDのチュートリアルを使うのも問題なので、Rからデータを拝借してくる。 rattleパッケージにあるwineのデータを使用する。 library(rattle) data(wine, package='rattle') head(wine) havenパッケージでSPSS形式(.sav)で書き出す。 …

ガンマ分布のglm()モデリング[R]

rpubs.com Kazuki Yoshidaさんによって作成されたものらしい。 farawayパッケージに含まれる半導体ウェハのデータを用いる。 library(faraway) data(wafer) plot(density(wafer$resist)) 結果は連続的なものだが、右に傾いており、常に正の値を示している。…

ガンマ分布の一般線形モデル[R]

waferデータセットの読み込み library(faraway) data(wafer) waferデータセットを添付 attach(wafer) 半導体実験におけるウエハの感度のデータだ。 https://www.rdocumentation.org/packages/faraway/versions/1.0.7/topics/wafer x1 x2 x3 x4 resist 1 - - …

ANOVA その1[R]

bookdown.org Nathaniel D. PhillipsさんのR解説から。 第14章 ANOVA 図14.1: メナージュ・ア・トロワMenage a troisのワイン - 三元配置分散分析に最適な組み合わせ 前章では、1標本および2標本の仮説検定を取り上げた。これらの検定では、1つのグループを…

factor型やcharacter型の"NA"をNA(欠損値)にする方法[R]

少し困ったのでメモ。 dplyr.tidyverse.org dplyrパッケージを使うと楽なようだ。 na_if(data, "NA") "NA"→NAになり、欠損値にすることができる。

クラスター分析で用いられていたユークリッド距離はその場しのぎの非類似度測定

ちょっと面白い言い回しを発見。 Structural Equation Modeling: Applications Using Mplus (Wiley Series in Probability and Statistics Book 9) (English Edition)作者:Wang, Jichuan,Wang, XiaoqianWileyAmazon 従来のクラスター分析で用いられていたユ…

ベイジアンCFAモデル

Structural Equation Modeling: Applications Using Mplus (Wiley Series in Probability and Statistics Book 9) (English Edition)作者:Wang, Jichuan,Wang, XiaoqianWileyAmazon 2.9章から。 従来のCFAモデルでは、各指標・項目は理論的に仮定された1つの…

Rでのリコード[R]

頻繁に使うのに忘れてしまうコードなので、メモ。 サンプルデータの呼び出し library(AER) #パッケージの呼び出し。CPS1985というデータがこのパッケージに含まれている data(CPS1985) #CPS1985データの行頭のみ表示 memiscパッケージ library(memisc) CPS19…

MTMM matrix: Multitrait-Multimethod matrix

conjointly.com William M.K. Trochimさんによる解説から。 MTMM matrixとは? Multitraitit-Multimethod Matrix(以下、MTMM)は、研究における一連の測定値の構成概念の妥当性を評価するための手法である。1959年にCampbellとFiskeによって開発された(Cam…

Geiser,2020, Longitudinal Structural Equation Modeling with Mplus A Latent State-Trait Perspective

Longitudinal Structural Equation Modeling with Mplus: A Latent State-Trait Perspective (Methodology in the Social Sciences)作者:Geiser, Christian発売日: 2020/11/04メディア: ペーパーバック ほとんどの最新の縦断的手法は、ある時点での個人差と…

lavaanを用いてWLSMVによる測定の不変性を計算する[R]

WLSMV(adjusted diagonally weighted least squares)での測定の不変性の方法が確立しているらしい。 https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/10705511.2019.1602776 最尤法での測定の不変性についてはこちらを参照のこと。 ides.hatenablog.com サンプ…

正規性の検定

日本語でも解説が多く、有名な手法なので、やり方だけを記す。 データはirisを用いる。 ガクの長さのデータが正規分布が仮定できるかを検定する。 data(iris) head(iris$Sepal.Length) データ。 [1] 5.1 4.9 4.7 4.6 5.0 5.4 シャピロ・ウィルク検定 (Shapir…

Rでクラスター分析[R]

Gabriel Martosさんによる解説より。 rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com Rを使ってクラスター分析を行う方法を学ぶ。データセットwinsを使用するために,ライブラリrattleをロードする。 library(rattle) data(wine, package='rattle') head(wine) Type …

Kaiser-Meyer-Olkinの標本妥当性の測度とMeasures of Sampling Adequacy

Kaiser-Meyer-Olkin(KMO)の標本妥当性の測度とMeasures of Sampling Adequacy(MSA)について。 中澤港さんの資料 https://minato.sip21c.org/factor-in-R-j.pdf KMO と MSA KMO とは,Kaiser-Meyer-Olkin が提唱した因子分析全体についてのサンプリング適切性…

Fornell & Larcker基準とHTMT基準の使い分け

iopscience.iop.org M R Ab Hamid, W Sami and M H Mohmad Sidek, 2017, Discriminant Validity Assessment: Use of Fornell & Larcker criterion versus HTMT Criterion, Journal of Physics: Conference Series, Volume 890, 1st International Conference…

ベイズ推定の利点

こちらの本の1.4.1 ベイズ推定の説明から。 Structural Equation Modeling: Applications Using Mplus (Wiley Series in Probability and Statistics)作者:Wang, Jichuan,Wang, Xiaoqian発売日: 2019/12/04メディア: ハードカバー 1.4.1 Bayes estimator ベ…

因子スコアを重回帰分析の独立変数にした論文

因子スコアを独立変数にして、重回帰分析にぶち込んだ論文がいくつか存在していることを知った。 Yakubu, Idahor and Isopa(2009) https://www.researchgate.net/publication/50194274_Using_factor_scores_in_multiple_linear_regression_model_for_predict…

prevalenceパッケージまわりの補足[R]

こちらのエントリの補足。 ides.hatenablog.com 感度・特異度がわかっていれば、スクリーニング調査から真の有病率の推定ができる、という手法である。 もちろん、統計的推計なので、診断の有無をしっかりと調べていくようなものを再現できる訳ではなく、い…

LaTeX形式の数式コードを書くパッケージequatiomatic[R]

中澤港さんの日記に書かれていたパッケージ(https://minato.sip21c.org/im3r/20210131.html)。 これを使うと,lmer()で使ったモデルが,そのままTeXのコードになる。LaTeXで論文を書いている人はそのまま取り込めるし,WordやLibreOfficeで論文を書いている…

Wilcoxon-Mann-Whitney検定[R]

ja.wikipedia.org 昔SPSSでやった記憶はあるがRではやったことがない。 少し調べてみるとx群とy群をそれぞれベクトルで与えてwilcox.test(x,y)とするみたいな解説がたくさん見つかった。間違いではないが、一つの連続変数に対して男女の違いはあるかないかみ…

変数名を変更する[R]

names(df)[ c(1,3)] <- c("一列目", "三列目") via: Rで列名を変更する: さかなのいろいろ

欠損値の補完[Mplus]

潜在クラス分析で欠損値がある場合の補完はできないものかといろいろ調べてみたが、コードが見つからない。IDREで次のようなエントリを見つけた。 stats.idre.ucla.edu Mplusは完全情報最尤推定法(FIML)を用いて、変数の一部が欠落した値を持つモデルを推…

ベイズ推定による因子分析[Mplus]

頻度主義で行うのと特に何かが変わるというわけではないものの、Mplusでベイズ推定で因子分析を行った。 コード DATA: FILE = "HS1939.dat"; VARIABLE: NAMES = x1 x2 x3 x4 x5 x6 x7 x8 x9; MISSING=.; ANALYSIS: ESTIMATOR = BAYES; PROCESS = 2; FBITER =…

ID番号のないデータフレームにID列を作る方法[R]

IDの列を作る 仮想データフレームを作成。 d <- data.frame(V1=c(23, 45, 56), V2=c(45, 45, 67)) 結果。 V1 V2 1 23 45 2 45 45 3 56 67 ID列の挿入。 d$ID <- 1:nrow(d) 結果。 V1 V2 ID 1 23 45 1 2 45 45 2 3 56 67 3 こちらで紹介されていたやり方。パ…

潜在クラス分析のDistal Outcomesの補助設定ごとの結果の比較[Mplus]

Distal Outcomesが連続変数の場合、DU3STEP法、DE3STEP法、BCH法、DCON法、PC法などがある。詳しくはここなどを参照してもらいたいが、BCH法をとることが現在のところ推奨されている。 そんなわけで、それぞれの方法での推定結果の違いをみてみたい。ちなみ…