井出草平の研究ノート

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潜在クラス因果分析 Latent Class Causal Analysis (LCCA)パッケージの解説 [R]

R 潜在クラス分析

scholarsphere.psu.edu

説明

本パッケージは、潜在クラス因果分析（LCCA）、潜在クラス分析（LCA）、共変量付きLCAを実行するために、Methodology Centerによって開発されたRパッケージである。LCAは、観測されないカテゴリ変数が与えられたとき、それらが条件付きで独立であると仮定することによって、カテゴリ変数のセット間の関係を記述する。lcca.rパッケージは、正規分布の結果変数に対する潜在暴露（すなわち潜在クラス）の平均因果効果を推定するために、帰属推定方程式を使用する。LCCAは潜在クラス分析とRubinの因果モデル(Rubin, 1974; 2005)の側面を組み合わせたものである。

イメージ図

ライセンス

Copyright (c) 2020, The Pennsylvania State University.

このプログラムはフリーソフトウェアであり、以下の条件のもとで再配布や改変が可能だ。

保証について

このソフトウェアは「現状のまま」提供され、商品性および特定目的への適合性の黙示保証を含むがこれに限定されない、いかなる明示または黙示の保証も明示的に放棄される。いかなる場合においても、ペンシルベニア州立大学またはその職員は、本ソフトウェアの使用から何らかの形で生じた直接的、間接的、偶発的、特別、例示的、または結果的損害（代替品またはサービスの調達コスト、使用、データまたは利益の損失、または事業の中断を含むが、これに限定しない）について、たとえその損害発生の可能性について事前通知を受けていたとしても、契約、厳格責任、または（過失またはその他の）不法行為を問わず、その責任理論にかかわらず責任を負うことはないものとする。

出版物

本ソフトウェアが使用された査読付き出版物には、参考文献の欄に本ソフトウェアの引用が含まれる。APA形式のサンプル引用は、本ソフトウェアのサポートがある限り、方法論センターのウェブサイトで利用可能です。

再配布

本ソフトウェアの再配布および使用は、変更の有無にかかわらず、以下の条件を満たしている場合に限り許可されます。

  1. 本ソフトウェアは、以下の条件を満たす場合に限り、改変の有無にかかわらず、再配布および使用することができる。

  2. 再配布する場合は、「この製品にはペンシルバニア州立大学メソドロジーセンターが開発したソフトウェアが含まれています」という表示を関連文書および可能な限り再配布されるソフトウェアに含めなければならない。

  3. 「Penn State」、「Penn State University」、「The Pennsylvania State University」という名称は、The Pennsylvania State Universityの商標であり、The Pennsylvania State Universityから事前に書面による明示的な合意を得ない限り、これらの資料を基にした製品を含むいかなる商品またはサービスに関連付けて使用することを禁じる。

その他の条件

本ソフトウェアをダウンロードすることにより、あなたはここに記載された条件に従うことに同意したものとみなされる。ダウンロードすることにより、あなたはこれらの条件に従ってこれらの資料を使用するための非独占的なライセンスを取得することになる。ここに記載されているいかなる内容も、ペンシルバニア州立大学によるこれらの資料に関するいかなる権利の放棄ともみなされないものとする。

README

Latent Class Causal Analysis (LCCA) パッケージ for R

概要

本パッケージは、潜在クラス因果分析（LCCA）、潜在クラス分析（LCA）、共変量付きLCAを実行するために、Methodology Centerによって開発されたものである。LCAは、観測されないカテゴリ変数が与えられたとき、それらが条件付きで独立であると仮定することによって、カテゴリ変数のセット間の関係を記述する。lcca.Rパッケージは、正規分布の結果変数に対する潜在暴露latent exposure（すなわち潜在クラス）の平均因果効果を推定するために、帰属推定方程式を使用する。 LCCAは潜在クラス分析とRubinの因果モデル(Rubin, 1974; 2005)を組み合わせたものである。

LCCAパッケージには3つの主要な関数が含まれている。

  • lca: 従来のLCAモデルを適用する
  • lcacov: 共変量を伴ったLCAモデルの適合
  • lcca: LCCAモデルの適用

ダウンロード

  • lcca パッケージ | lcca_1.1.0.zip ｜ Developers.IO

特徴

Icca.JPG を参照

X = 交絡因子のベクトル

C = 潜在クラス変数

Y(C) = 潜在的なdistal outcomesのベクトル

U1...Uj = データセットから観測された項目

インストール

  1. このウェブページからzipファイルをダウンロードする。
  2. Rを起動する。
  3. R の "Packages" メニューから "Install pacakge(s) from local Zip files..." を選択する。
  4. ダウンロードしたZIPファイルを選択する。
  5. インストールが成功すると、R Consoleに "package 'lcca' successfully unpacked and MD5 sums checked. "というメッセージが表示される。

推奨する引用文献

Schafer, J. L., & Kang, J. (2013). LCCA package for R users' guide (Version 1.1.0). University Park: The Methodology Center, Penn State. methodology.psu.eduから入手可能

ライセンス

LICENSE.txt を参照。

追記

インストールしてもライブラリの読み込みでエラーがでる。

library(lcca)
Error: package or namespace load failed for ‘lcca’:
package ‘lcca’ was installed before R 4.0.0: please re-install it
``
条件をいろいろ変えたり、アクセス権限を変えたりしてやってみたが、今のところ読み込みができない。  
このあたり(https://stackoverflow.com/questions/63390194/package-xxx-was-installed-before-r-4-0-0-please-re-install-it)もやってみたが、成功していない。