2022年7月現在の、RにStanをインストールする手順を記載する。
現在の注意点はRStanはR4.2に対応していない、ということである。最新バージョンのRとRtoolsではRStanは動かないことに注意が必要である。
なお、Windowsでの方法であり、Macでは試していないのでわからないものの、R4.2がRStanに対応していないのは同じだと思われる。
実行可能な環境はRバージョンは4.1.3、Rtoolsバージョンは4.0
R version: 4.1.3
Rtools version : 4.0 https://discourse.mc-stan.org/t/issues-while-installing-rstan-after-r-update-to-4-2-1/27956/2Windowsをお使いのStanユーザーは、可能であればR4.2へのアップグレードを控えていただくことをお勧めする。
https://blog.mc-stan.org/2022/04/26/stan-r-4-2-on-windows/
R4.1.3(Windows)
ダウンロードページ。
https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/4.1.3/
Rtoolsの設定
https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/rtools40.html
Windowsの場合は下記をダウンロードする。
On Windows 64-bit: rtools40-x86_64.exe (includes both i386 and x64 compilers).
RtoolsのPATHの追加
インストールが完了したら、Rパッケージをコンパイルできるようにするために、もう1つのステップを実行する必要がある。それは、Rtoolsのmakeユーティリティ（bash、makeなど）の場所をPATHに置くことです。最も簡単な方法は、Documentsフォルダーに以下の行を含むテキストファイル.Renvironを作成することである。
PATH="${RTOOLS40_HOME}\usr\bin;${PATH}"
これはテキストエディタで行うこともできる、Rから以下のように行うこともできる（Rのコードではバックスラッシュをエスケープする必要があることに注意）。
write('PATH="${RTOOLS40_HOME}}\usrr\bin;${PATH}"', file = "~/.Renviron", append = TRUE)
Rを再起動し、Rtoolsのインストール先が表示され、makeが見つかるか確認する。
Sys.which("make")
## "C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe"
次に、Rパッケージをソースからインストールしてみる。
install.packages("jsonlite", type = "source")
これで成功すればOK。
RStanのインストール
こちらは日本語のガイドがある。
下記のガイドどおり実行すれば、インストールは可能である。
https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/RStan-Getting-Started-(Japanese)
