ゼロ過剰ポアソンモデルをRで動かす選択肢[R]

対応パッケージ（代表例）

glmmTMB
最尤推定ベースで、ゼロ過剰（zi）項を明示的に入れられる一般化線形混合モデル（GLMM）実装である。ゼロ過剰ポアソンはもちろん、過分散（負の二項）やランダム効果まで同一の枠組みで扱いやすい。(CRAN)
pscl
古典的に有名な zeroinfl()（ゼロ過剰）と hurdle()（ハードル）を提供する。まずZIPの挙動を理解し、最短で回して感触を掴む用途に強い。(CRAN)
brms
Stanを用いたベイズ推定で、分布として zero_inflated_poisson() を直接指定できる。ゼロ過剰確率（zi）側にも回帰を入れる「分布回帰」も自然に書ける。(CRAN)
gamlss / gamlss.dist
「ゼロ過剰ポアソン（ZIP）」分布（例：ZIP, ZIP2）を分布として提供し、GAMLSS枠組みで扱う。ゼロ過剰に限らず、分布の形そのものを柔軟に選んでいく路線に向く。(CRAN)
mgcv
GAMとしてゼロ過剰（ハードル型を含む）を扱えるファミリ（ziplss や ziP）を提供する。ただし「ゼロが多い＝ゼロ過剰」と短絡して乱用しがちなので注意が必要、という警告も明示されている。(Seminar for Statistics)

（このほかVGAM等にも関連機能はあるが、まずは上の5つで実務・学習ともに十分にカバーできる。）

Salamanders
- 内容: 森林タイプ（old growth / logged）などの条件下でのサンショウウオ個体数カウントのデータである。(CRAN)
- ZIP向きの理由: 生態データは「構造的にゼロが出やすい（いない場所が多い）」ことが多く、ゼロ過剰の典型例になりやすい。
Owls
- 内容: フクロウ雛の行動（例：交渉回数/雛）に関する599観測のデータで、巣（Nest）というクラスタを持つ。説明変数として給餌条件（FoodTreatment）や親の性別（SexParent）などがある。(CRAN)
- ZIP向きの理由: ランダム効果（巣）を含むカウントモデルの教材として使いやすく、例示として「一定のゼロ過剰（zi = ~1）」を入れたモデルも示されている。(CRAN)
spider_long
- 内容: クモの生態に関するカウントデータ（ロング形式）として同梱されている。(CRAN)
- ZIP向きの理由: 目的変数がカウントで、設計次第でゼロ過剰・過分散・階層性を試しやすい類型である（ただしゼロ過剰が必ず強いとは限らないので、まず分布確認が前提である）。

bioChemists
- 内容: 生化学者の論文数（art）などのカウントを含むデータで、915観測、性別（fem）、既婚（mar）、子ども数（kid5）、指導教官の論文数（phd）などが入っている。(CRAN)
- ZIP向きの理由: 「カウント回帰（ポアソン/負の二項）＋ゼロ過剰/ハードル」を説明する定番の題材として扱いやすい。

加えて、psclには ZIP/ハードルを体系的に説明した公式vignette（countreg）があり、デモの設計（何を比較し、どう診断するか）を決めるときの道標になる。(CRAN)

zinb
- 内容: 釣果のカウントデータ例として使われており、変数として persons（人数）, child（子ども）, camper（キャンプか）などと、目的変数 count（釣れた数）が示されている。vignette内では250観測として扱われている。(CRAN)
- ZIP向きの理由: vignetteがそのまま family = zero_inflated_poisson() の例を提示しており、zi（ゼロ過剰確率）を「一定」→「説明変数で予測」に拡張する流れも一続きで確認できる。(CRAN)